Het oorspronkelijke verhaal gaat verder op Gotham en de inzet is hoger dan ooit, aangezien ambitieuzere en verdorvenre superschurken worden geïntroduceerd, en een verschuiving van allianties de strijd om de macht in Gotham City opschudt.

In seizoen twee blijven detective Jim Gordon (Ben McKenzie) en de ethisch twijfelachtige veteraan detective Harvey Bullock (Donal Logue) in de voorhoede van de strijd tegen de misdaad in deze gevaarlijk corrupte stad. Terwijl hij de meest beruchte criminelen van Gotham confronteert, begint Gordons morele kompas echter te wankelen, maar hij wordt onder de vleugels genomen van Nathaniel Barnes (Michael Chiklis), een ijveraar voor ordehandhaving die niet bang is om vijanden te maken.

Tegelijkertijd zet Gordon zijn zoektocht voort om het vertrouwen te winnen van de jonge Bruce Wayne (David Mazouz), die op een duidelijk pad is in de richting van de man die hij voorbestemd is te worden, nadat hij, met de hulp van zijn vader, de diepste geheimen van zijn vader heeft ontdekt. vertrouwde butler en mentor, Alfred Pennyworth (Sean Pertwee), en nieuwe bondgenoot bij Wayne Enterprises, Lucius Fox (Chris Chalk).

In de epische turfoorlog die plaatsvond aan het einde van seizoen één, vocht Oswald Cobblepot aka The Penguin (Robin Lord Taylor) zich een weg naar de macht over de onderwereld van Gotham. In seizoen twee zal Gotham de evoluerende verhalen blijven volgen van de meest kwaadaardige schurken van de stad: Edward Nygma/The Riddler (Cory Michael Smith), wiens transformatie van Gotham PD's forensisch expert naar psychologisch losgeslagen schurk doorgaat;

Selina Kyle/de toekomstige Catwoman (Camren Bicondova), wiens harde bestaan haar voortstuwt in een leven van misdaad; en de steeds onstabielere Barbara Kean (Erin Richards), die uit is op Gordon en zijn vriendin, Dr. Leslie Thompkins (Morena Baccarin). Ook in de hoop zijn stempel op de stad te drukken is Theo Galavan (James Frain), de miljardair-industrieel, die de redder lijkt te zijn op wie Gotham heeft gewacht. Theo houdt, samen met zijn zus en hoofdhandhaver, Tabitha Galavan aka Tigress (Jessica Lucas), hun eeuwenoude vendetta verborgen terwijl ze hun weg naar de macht manipuleren. Synopsis De duisternis groeit op Gotham, naarmate meer ambitieuze en verdorven superschurken worden geïntroduceerd, en een herschikking van allianties schudt de strijd om de macht in Gotham City door elkaar.

Met rechercheurs Jim Gordon en Harvey Bullock in de voorhoede van de strijd tegen de misdaad in deze gevaarlijk corrupte stad, ziet seizoen twee Gordons morele kompas wankelen, terwijl hij de beruchtste criminelen van Gotham confronteert. Tegelijkertijd zet hij zijn zoektocht voort om het vertrouwen te winnen van de jonge Bruce Wayne, die nu duidelijk op weg is naar de man die hij voorbestemd is te worden, nadat hij de diepste geheimen van zijn vader heeft ontdekt.

In de epische veldslagoorlog die plaatsvond aan het einde van seizoen één, vocht The Penguin zich een weg naar de macht over de onderwereld van Gotham. In seizoen twee volgt Gotham de evoluerende verhalen van Edward Nygma/The Riddler en Selina Kyle/de toekomstige Catwoman, evenals de oorsprong van nieuwe schurken, waaronder The Joker en Mr. Freeze.